Bahasa Arab adalah salah satu keunggulan Madrasah. MAN Salatiga memperoleh berbagai prestasi khususnya dalam Bahasa Arab. Untuk meningkatkan kualitas pembelajaran Bahasa Arab, MAN Salatiga melakukan inovasi dengan mendatangkan Ustadz Youssef El Fakhaoui, Penutur Asli Bahasa Arab (native speaker) dari Maroko. Selain itu MAN Salatiga juga menerapkan Pembelajaran Bahasa Arab Metode Amtsilati. Metode ini terbukti mampu memberikan quality guarantee terhadap kemampuan Nahwu Shorof secara komprehensif.
Melaui program “FASTABIK”, Fasih dan Terampil Berbahasa Arab dan Kitab Kuning, MAN Salatiga memberikan Inovasi bagi peserta didik dengan keunggulan:
1.Fasih berkomunikasi berbahasa Arab secara aktif, dengan mengadirkan native speaker dari Maroko
2.Mahir membaca kitab kuning, dengan metode amtsilaty, bekerja sama dengan pondok Darul Falah Jepara